L'établissement de relations diplomatiques à part entière entre Israël et le Saint-Siège (aux termes de l'Accord fondamental
signé à Jérusalem le 30 décembre 1993) peut être considéré comme une
étape fort significative dans l'attitude de l'Eglise à l'endroit du
judaïsme et du peuple juif, processus entamé publiquement par
l'encyclique Nostra Aetate, adoptée par le Concile Vatican II en 1965.
Dans l'accord fondamental signé entre l'Etat d'Israël et le
Saint-Siège, les parties soulignent « la nature unique de la relation
entre l'Eglise catholique et le peuple juif... » et s'engagent « à
coopérer en vue de combattre toutes les formes de racisme et
d'intolérance religieuse, et de promouvoir la compréhension entre les
peuples, la tolérance entre les communautés et le respect de la vie et
de la dignité humaine », ainsi qu'à œuvrer pour « la solution pacifique
des conflits entre Etats et nations, excluant la violence et le
terrorisme de la vie internationale ». Les autres obligations des
parties concernent le respect du statu quo pour les lieux saints
chrétiens, les questions liées à la liberté de religion, aux pèlerinages
en Terre sainte et d'autres registres.
En novembre 1997, un accord
à Jérusalem définissant le statut de l'Eglise catholique en Israël et
sa hiérarchie aux termes de la législation israélienne. C'est la
première fois qu'un gouvernement israélien reconnaissait de jure la
présence de l'Eglise catholique en Terre sainte.
En mars 2000, le pape Jean-Paul II a effectué un pèlerinage aux Lieux saints d'Israël.
En tant que chef d'Etat, il a rencontré le président Weizman et le
premier ministre Ehud Barak. Au cours de sa visite, il s'est également
entretenu avec les grands rabbins et s'est rendu à Yad Vashem et au Mur
occidental. Cette visite souligne la poursuite du processus de
réconciliation entre le judaïsme et l'Eglise catholique.
Le pape Benoît XVI a visité Israël en mai 2009 sur un
pèlerinage en Terre sainte, marquant ainsi une étape importante dans le
développement des relations entre le Vatican et Israël. La visite a
permis de renforcer le dialogue entre le christianisme, le judaïsme et
l'islam, dans le cadre des efforts visant à parvenir à la paix dans la
région.